Faisant partie du district de Bragança, la commune de Mogadouro est limitrophe de l'Espagne, le long du Douro. Les principales rivières qui traversent la commune sont le Douro au sud-est, le Sabor à l'ouest, le Maçãs et l'Angueira au nord-est. Le parc naturel international du Douro est situé dans la municipalité de Mog