Perteneciente al distrito de Bragança, el municipio de Mogadouro limita con España a lo largo del río Duero. Los principales ríos que atraviesan el municipio son el río Duero al sureste, el río Sabor al oeste, el río Maçãs y el río Angueira al noreste. En el municipio de Mogadouro se encuentra el Parque Natural del Due